A definição da MVA utilizada na apuração considera, entre outros parâmetros, a Nomenclatura Comum do Mercosul (NCM) e o Código Especificador da Substituição Tributária (CEST) informados para a mercadoria.

Em algumas situações, mercadorias com o mesmo NCM e CEST podem receber tratamentos tributários distintos em razão de sua destinação ou de características específicas da operação. Nesses casos, podem existir MVAs diferentes ou até mesmo a não incidência da substituição tributária.

Também podem ocorrer divergências em razão de erros no preenchimento do NCM, do CEST ou de outras informações da nota fiscal, o que pode levar à aplicação de uma MVA ou de outros parâmetros inadequados.

Quando houver mais de uma possibilidade de enquadramento, o sistema utilizará uma classificação pré-definida. Caso ela não corresponda à situação da mercadoria, o contribuinte poderá realizar o ajuste, mediante a apresentação da respectiva justificativa.