Prezado(a)  contribuinte: 

Neste caso deve ser emitida nota fiscal para efetuar a baixa da mercadoria e estorno do crédito, se for o caso.  A baixa de estoque é realizada através de emissão de documento fiscal com o CFOP 5.927, conforme RICMS, Livro II, Art. 25, Inciso XII, nota 2. Tanto a mercadoria, quanto as quantidades baixadas devem estar perfeitamente identificadas.

Empresas optantes pelos Simples Nacional: A referida nota fiscal não é contabilizada como receita bruta.
Empresas não optantes pelos Simples Nacional (Categoria Geral): Crédito fiscal das referidas mercadorias, caso existente, deve ser estornado. A própria nota deverá conter o valor do crédito a ser estornado como destaque. Se houver débito de responsabilidade por parcela diferida quando da aquisição, a forma de recolhimento passa pela mera escrituração a débito, Art. 37, § 1º, “f” do Livro I do RICMS.

Escrituração da NF-e:
A NF-e de baixa de Estoque deverá ser escriturada na EFD com os Registros  C100 e C190 correspondentes aos valores do ICMS zerados, para que não haja cômputo dobrado do débito,
Deve ser criado um texto no registro 0460 para a observação que será citada no registro C195. O código de situação desta nota fiscal será “08”.
O valor dos débitos será lançado via registros C197.

Estorno do crédito:
Registro C197:RS40000213|"Outros Débitos" - Mercadoria - Livro I, art. 34 - Estorno de créditos|
GIA - Campo 13 e Anexo XV / cód.2.

Débito por responsabilidade:
Registro C197: RS40000010|"Débitos de Responsabilidade - Compensáveis" (mercadorias)|
GIA – Campo 10.