Não, não deverá pagar. A lógica não é esta. A comparação deve ser feita com relação a compra dentro do RS. Qualquer empresa que fosse adquirir aqui dentro a mesma mercadoria, que no caso é trazida de fora, não pagaria ICMS, pois seria isenta.

A antecipação é uma medida para que não se compre de fora do estado com tributação menor do que se compraria dentro do RS. Assim, pela antecipação, há uma equalização da carga tributária. No caso, se o produto for isento, não há diferença entre a aquisição de dentro ou de fora do estado.